
ubuntu22.04 安装lammps:lammps安装、功能包安装、GPU加速、将lmp添加到环境变量中
此次安装使用make安装,虽然官网手册上面推荐使用cmake安装,说camke安装有很多好处,但是我自己的实践来看camke很容易报错,先后两次使用cmake安装也都失败了,所以还是选择了使用传统的make安装方式。
此次安装使用make安装,虽然官网手册上面推荐使用cmake安装,说camke安装有很多好处,但是我自己的实践来看camke很容易报错,先后两次使用cmake安装也都失败了,所以还是选择了使用传统的make安装方式。
本文参考:
https://blog.csdn.net/qyb19970829/article/details/105463480
一、安装前的准备
1.安装显卡驱动和CUDA
1.1 显卡驱动安装
显卡驱动可以使用ubuntu中的软件与更新中的附加驱动这个功能安装,也可以使用终端手动下载安装。网上有很多经验帖可以参考。安装显卡驱动成功后输入:
nvidia-smi
若显卡驱动安装成功,则会有详情页面显示。
显卡驱动安装成功后还需禁用nouveau driver,nouveau是开源驱动,性能很差,一般都禁用。
在命令行输入:
sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf
在最后添加:
blacklist nouveau
options nouveau modeset=0
保存后退出,输入:
sudo update-initramfs -u
输入:
lsmod | grep nouveau
无输出代表禁用成功
1.2 CUDA Toolkit安装
上NVIDIA官网进行下载 https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
安装完cuda后添加环境变量
sudo vim ~/.bashrc
在文件的最后添加以下内容:
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda-12.2/bin
更新环境变量:
source .bashrc
检查cuda是否安装好,输入:nvcc -v ,出现以下信息说明安装成功
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2023 NVIDIA Corporation
Built on Tue_Jun_13_19:16:58_PDT_2023
Cuda compilation tools, release 12.2, V12.2.91
1.3 CUDA文件配置
进入gpu目录,修改Makefile.linux
cd lammps-2MAug23/lib/gpu
sudo vim Makefile.linux
根据自己的显卡型号和cuda版本修改以下信息
CUDA_HOME = /usr/local/cuda-12.2 #注意版本
CUDA_ARCH = -arch=sm_89 #注意sm后面的数字和自己的显卡型号对应
之后进行make:
make -f Makefile.linux
如果之后更改Makefile.linux 中的内容之后需要重新编译需要先 make clean 一下:
make -f Makefile.linux clean
2.安装依赖
sudo su #开启管理员模式,输入密码后继续
apt-get install gcc #安装gcc
apt-get install g++ #安装g++
apt-get install gfortran #安装gfortran
apt-get install make #安装make
apt-get install vim #安装vim
以上这些大概率是已经装好了的,在这里全部安装一遍是以防万一。一般来说真正需要装的是下面这两个:
sudo apt-get install mpi-default-* #安装mpi
sudo apt-get install libfftw3* #安装fftw包
二、安装lammps
官网上下载压缩包后解压缩:
sudo tar -xvf lammps2Aug2023.tar.gz
进入目录: /lammps2Aug2023/src/MAKE
删除Makefile.mpi中和图片相关的代码:
三、安装过程中出现的问题及解决:
1.解决Ubuntu内核版本和显卡驱动版本不匹配的问题
发现client(客户端)的nvidia显卡驱动版本和kerenl内核版本的不一致
因为装cuda的时候会自动安装nvidia显卡驱动,导致之前装的驱动被覆盖。我安装了cuda 12.0,而cuda12.0会自动下载525版本的显卡驱动,把之前我下载的535版本覆盖了,因此出现了错误。
解决办法为:
安装和内核版本一致的显卡驱动,同时安装和该驱动匹配的最新版本的cuda
535支持的最高cuda版本是12.2,因此下载了cuda12.2。
输入:
nvcc -V
出现详细信息,说明安装成功。
2. 解决文件夹权限不够的问题
输入:
sudo su
chmod 7 filename
3. 如果出现报错中显示出进入某个功能包的目录后出错,说明是安装功能包的问题,需要根据功能包的要求把需要的软件和依赖配置好。在编译的时候不要用 make yes-all 的命令来下载所有的功能包
4. GPU加速时的报错
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