• 可变剪切分析
    • 定义：可变剪接（Alternative Splicing,AS）是一个过程，即某些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接) 
    • 常用软件
      • Astalavista：http://astalavista.sammeth.net/
        • 4种可变剪切类型
        • 在线分析流程
          • 第一步：选择输入文件
          • 第二步：设置参数
          • 第三步：获取结果
          • 第四步：查看结果
          • 第五步：下载结果
        • 本地分析脚本
          • /local_data1/RNA/pipeline/PB_Isoseq_ref_V1.0/lib/11.as_event/../../software/astalavista-3.2/bin/astalavista \-t asta \--threads 4 \-i test.gtf \-o test.as.gtf.gz
  • lncRNA预测
    • 定义：lncRNA（Long non-coding RNA）：一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。哺乳动物基因组序列中，4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段，lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，有文献研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程
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