从NCBI 数据库下载基因组数据时,部分样本会有genbank版本的基因组和refseq版本的基因组,两者有什么区呢?

GCF是RefSeq,GCA是GenBank,GCF可能更可靠一些(F :reference sequences;A :Assembly)
ACCESSION是NCBI序列数据中我们常用到编号(另一个是GI:gi genebank id),这是Genbank的收录号,也是查询号。比如提交一个基因或蛋白的序列,genbank接受后就会分配给这个基因或蛋白一个序列号,即accession number。

  • GenBank genome 

  1. accession 以 GCA_  起始
  2. 注释信息可有可无
  3. 第一次提交版本默认为1,后续作者提交更新版本,会在末尾加版本号 .2
  • RefSeq genome 

  1. accession 以 GCF_ 起始
  2. NCBI工作人员为某个类群指定的参考基因组
  3. 必须包含注释,注释可能是原始提交者提供,也可能是NCBI工作人员根据提交序列注释。
  4. NCBI负责维护
  5. 序列可能与对应的GCA_版本完全相同;也可能存在差异,NCBI工作人员可能根据一些标准删除可能的污染序列,或者分类出线粒体基因组序列。
  • RefSeq 基因组与Representative基因组比较

  1. 两种都是高质量的基因组
  2. 都有注释信息
  3. 差别只是前者被选中作为生信分析的参考

如何查找旧版本的基因组信息?

NCBI > Genomes & Maps > Assembly > History 

 

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